Dalam Al Quran otak manusia juga menjadi bahasan yang penting akan tetapi bahasa Al Quran yang universal yang harus ditelaah lebih dalam. Dalam surat Al Anfal (8) ayat 22 : "sesungguhnya, seburuk – buruknya mahluk melata disisi Allah ialah mereka yang tuli dan bisu, yang tidak menggunakan akal" berdasarkan ayat di atas ini dapat kita tafsirkan secara singkat bahwa kerja dan fungsi akal saja yang membedakan manusia dengan binatang, dan manusia dengan manusia. Menurut Yusuf Qardhawi, penyebutan dalam bentuk istifham inkari (pertanyaan retoris) seperti ’afala ta’qilun adalah hal menonjol dalam Al Quran yang bermaksud memberi motivasi, semangat dan dorongan kepada manusia untuk menggunkan akalnya. Semua kata diatas emberi penekanan pada esensi pikiran yang pasti melibatkan organ otak. Inventarisasi ayat – ayat Al Quran yang memakai kata – kata akal dapat kita klasifikasikan dalam tiga bagian :

1. Teologi yang bersangkut pada keimanan (fungsi spitual/ Qolbu),
2,Kosmologi yang menyangkut pemahaman dan keberadaan alam semesta baik mikro maupun
makro (fungsi akal yang berfikir/ otak),
3. Moralitas yang menyangkut etika pribadi dan etika social (nafsu).

Dalam hadist dikatakan bahwa "dalam diri manusia ada segumpal daging, bila daging itu baik maka baiklah manusia itu, jika daging itu jelek maka jeleklah manusia itu". Kata segumpal daging disini adalah kata benda bukan sesuatu yang abstak maka segumpal daging bukan qolbu yang selama ini kita pahami melainkan otak. Karena 1. Otak manusia seperti yang sudah disebutkan diatas memiliki tiga fungsi yaitu rasional logis, emosional intuitif, dan spiritual. 2. kita pandang akal secara fungsional berfungsi untuk menelaah, mengerti, mengambil pelajaran dari fenomena yang ada, fungsi moral yang membedakan baik dan buruk. Dalam daerah pelipis (regio temporalis) dan daerah dahi (regio frontalis) dalam otak manusia berfungsi membedakan baik dan buruk. Umat Islam percaya bahwa didalam dirinya ada ruh Tuhan yang dihembuskan disetiap diri manusia untuk menyempurnakannya. Jadi memang secara lahiriah setiap manusia pasti merasakan akan kehadiran Tuhan yang menyebabkan banyak filsuf yang mencari keberaan Tuhannya seperti Friedrich Wilhem Nietzshe, Max Plack, Charles Darwin, Al – kindi, Ibnu Rusyd, Nabi Musa, Al Hallaj, Syeh Siti Jenar, dan masih banyak lagi walaupun hasilnya tidak sama. Menurut Al Farraby yang membagi akal menjadi sepuluh bagian dalam istilah – istilah kosmologi, otak manusia mempunyai potensi untuk bertemu dengan Tuhan dengan memaksimalkan fungsi otak secara keseluruhan membawa akal menjadi akal aktif mencapai pada tingkal akal kesepuluh yang dapat kontak dengan jibril. Karena akal kesepuluh inilah yang merupakan pikiran Tuhan yang tercurahkan dalam ciptaan Nya.

Dalam neurosains Ada 4 tingkat kesadaran manusia, yaitu:

1. Tingkat Delta, tingkat tidur nyenyak, frequensi otak sekitar 0,5–3,5 Hz . Tingkat
paling mudah disugesti, pada tingkat inilah cuci otak dapat dilakukan.
2. Tingkat Theta pada saat dia tidur dan bermimpi, dimana frequensi otak sekitar
3,5-7 Hz. Banyak terapi hipnotis dilakukan pada tingkat ini. Pada kondisi ini
otak bekerja secara baik dan jernih. Meditasi adalah salah satu sarana untuk
menciptakan kondisi tersebut, dalam islam sholat yang kita lakukan sehari – hari
membantu untum membiasakan otak tuk mencapai tingkat ini untuk melahirkan ide –
ide kreatif dan mencari jawaban yang buntu.
3. Tingkat Alpha, tingkat bawah sadar dimana frequensi otak mencapai antara 7-13 Hz.
Tingkat keadaan bermimpi, imajinasi sangat tinggi melampaui batas2 rasional. Pada
tingkat ini otak dalam kondisi paling kreatif, pada tingkat inilah anda dapat
menyadap dan bergabung dengan energi / getaran yang ada di alam semesta.
4. Tingkat Beta, tingkat terjaga atau sadar penuh, disinilah pemikiran dua rasional
akan bekerja secara maksimal. Pada tingkat ini frequensi otak bekerja sekitar
14-21 Hz.

Selain emat tingkat kesadaran yang diatas ada juga tingkat kesadaran yang mirip dengan akal kesepuluhnya Al Farabi yang disebut potensi spiritual dan hardware of God yang bermula dari Osilasi 40 Hz Denis Pare dan Rudolfo Llinas yang dikembangkan dalam SQ nya Danah Zohar dan Ramachandran yang menemukan God Spot yang bertempat di lokus temporal. Oleh karena itu dia berani mengatakan tuhan bertempat yang bersinggahsana dalam lokus temporal.